<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">
<HTML>
<HEAD>
<META http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">
<META NAME="GENERATOR" CONTENT="lfparser_2.52">
<META NAME="LFCATEGORY" CONTENT="SoftwareDevelopment">
<link rel="icon" href="../../common/images/lf-16.png" type="image/png">
<TITLE>lf388, SoftwareDevelopment: Simulation d'ADN assistée par ordinateur, en utilisant Linux et Perl</TITLE>
<style type="text/css">
<!--
td.top {font-family: Arial,Geneva,Verdana,Helvetica,sans-serif; font-size:12 }
pre { font-family:monospace,Courier }
pre.code { font-family:monospace,Courier;background-color:#aedbe8; }
p.cl { color:#EE9500 }
table.left { margin-right:0.3cm }
a.nodec { text-decoration:none }
p.trans { font-size:8pt; text-align:right }
p.clbox { width:50%; alignment:center; background-color:#FFD700;
border-style:none; border-width:medium; border-color:#FFD700;
padding:0.5cm; text-align:center }
p.code { width:80%; alignment:center; background-color:#aedbe8;
border-style:none; border-width:medium; border-color:#aedbe8;
padding:0.1cm; text-align:left }
p.foot { background-color:#AAAAAA; color:#FFFFFF; border-style:none;
border-width:medium; border-color:#AAAAAA; padding:0.5cm ;
margin-top:0.1cm; margin-right:1cm; margin-left:1cm;
text-align:center }
div.tbbutton {
background: #ddd;
border-right: 1px solid #aaa;
border-bottom: 1px solid #aaa;
margin: 2px 5px 2px 5px;
text-align: center;
width: 20em;
line-height: 1.2em;
padding: 2px;
font-size: 12px;
white-space: nowrap;
color: #555;
}
div.bbutton {
background: #ddd;
border-right: 1px solid #aaa;
border-bottom: 1px solid #aaa;
float: left;
margin: 2px 5px 2px 5px;
text-align: center;
line-height: 1.2em;
padding: 2px;
font-size: 12px;
white-space: nowrap;
color: #555;
}
-->
</style>
</HEAD>
<BODY bgcolor="#ffffff" text="#000000">
<!-- this is generated html code. NEVER use this file for your
translation work. Instead get the file with the same article number
and .meta.shtml in its name. Translate this meta file and then
use lfparser program to generate the final article -->
<!-- lfparser can be obtained from http://main.linuxfocus.org/~guido/dev/lfparser.html -->
<!-- this is used by a number of tools:
=LF=AUTHOR: Carlos Andrés Pérez
=LF=CAT___: SoftwareDevelopment
=LF=TITLE_: Simulation d'ADN assistée par ordinateur, en utilisant Linux et Perl
=LF=NUMBER: 388
=LF=ANAME_: article388.shtml
=LF=PARSER: 2.52
-->
<!-- 2pdaIgnoreStart -->
<!-- start navegation bar, current, style=2 -->
<!-- top navegation bar -->
<TABLE summary="topbar_1" cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" align="center" width="90%">
<TR bgcolor="#2e2292">
<TD class="top"><TABLE summary="topbar_1_logo" cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" width=
"100%">
<TR><TD width="319"><a href="../../index.shtml"><IMG src="../../common/images/logolftop_319x45.gif"
alt="[LinuxFocus-icon]" width="319" height="45" align="left"
border="0"></a></TD>
<TD class="top">
<TABLE summary="topbar_1_links" width="100%">
<TR align="right">
<TD class="top">
<A class="nodec" href="../../index.shtml"><FONT color=
"#DDDDDD" size="2"><--</FONT></A> |
<A class="nodec" href="../map.html"><FONT color=
"#DDDDDD" size="2">Carte</FONT></A> |
<A class="nodec" href="../indice.html"><FONT color=
"#DDDDDD" size="2">Index</FONT></A> |
<A class="nodec" href="../Search/index.html"><FONT color=
"#DDDDDD" size="2">Recherche</FONT></A> </TD>
</TR>
<TR align="right">
<TD class="top">
<HR width="100%" noshade size="1">
</TD>
</TR>
</TABLE>
</TD>
</TR>
</TABLE>
</TD>
</TR>
</TABLE>
<!-- end top navegation bar -->
<!-- blue bar -->
<TABLE summary="topbar_2" cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" align="center"
width="90%">
<TR bgcolor="#00ffff">
<TD><IMG src="../../common/images/transpix.gif" width="1" height=
"2" alt=""></TD>
</TR>
</TABLE>
<!-- end blue bar -->
<!-- bottom navegation bar -->
<TABLE summary="topbar_3" cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" align="center"
width="94%">
<TR bgcolor="#000000">
<TD>
<TABLE summary="topbar_3_links" cellspacing="0" cellpadding="1" border="0" width=
"100%">
<TR align="center">
<TD WIDTH="20%"><A class="nodec" href="../News/index.shtml"><FONT color=
"#FFFFFF">Nouvelles</FONT></A> </TD>
<TD WIDTH="5%"><FONT color="#FFFFFF">|</FONT> </TD>
<TD WIDTH="20%"><A class="nodec" href="../Archives/index.html"><FONT color=
"#FFFFFF">Archives</FONT></A> </TD>
<TD WIDTH="5%"><FONT color="#FFFFFF">|</FONT> </TD>
<TD WIDTH="20%"><A class="nodec" href="../Links/index.html"><FONT color=
"#FFFFFF">Liens</FONT></A> </TD>
<TD WIDTH="5%"><FONT color="#FFFFFF">|</FONT> </TD>
<TD WIDTH="20%"><A class="nodec" href="../aboutus.html"><FONT color=
"#FFFFFF">A propos</FONT></A> </TD>
</TR>
</TABLE>
</TD>
</TR>
</TABLE>
<!-- end bottom navegation bar -->
<!-- stop navegation bar -->
<!-- SSI_INFO -->
<!-- tr_staticssi include virtual -->
<!-- tr_staticssi exec cmd -->
<!-- addedByLfdynahead ver 1.5 --><TABLE ALIGN="right" border=0><TR><TD ALIGN="right"><FONT SIZE="-1" FACE="Arial,Helvetica">Ce document est disponible en: <A href="../../English/August2005/article388.shtml">English</a> <A href="../../Castellano/August2005/article388.shtml">Castellano</a> <A href="../../Francais/August2005/article388.shtml">Francais</a> </FONT></TD></TR></TABLE><br>
<!-- SSI_INFO STOP -->
<!-- 2pdaIgnoreStop -->
<!-- SHORT_BIO_ABOUT_THE_AUTHOR_AND_INDEX_START -->
<TABLE ALIGN="LEFT" BORDER="0" WIDTH="195" summary="about the author" class="left">
<TR>
<TD>
<img src="../../common/images2/CarlosAndresPerez.jpg" alt="La photo"
width="127" height="159">
<BR>par Carlos Andrés Pérez <br> <small><caperez /at/ usc.edu.co></small>
<BR><BR>
<I>L´auteur:</I><BR>
<!-- aboutauthor_start -->
Carlos Andrés Pérez est spécialiste en simulation
moléculaire, candidat au doctorat en Biotechnologie. Il est
conseiller technique du Grupo de Investigación en
Educación Virtual (GIEV) - Groupe de Recherche en Apprentissage
Virtuel. Son adresse est : Universidad Santiago de Cali, Calle 5ª
carrera 62 Campus Pampalinda, Cali – Colombia.
<!-- aboutauthor_stop -->
<!-- TRANSLATED_TO fr -->
<BR><BR><I>Traduit en Fran�ais par:</I><BR>
Jean-Etienne Poirrier (<a href="http://www.epot.org"><font size="1">homepage</font></a>)
<br>
<!--
=LF=TRANSTO=fr: Jean-Etienne Poirrier
-->
<!-- TRANSLATED_TO_STOP -->
<!-- INDEX_START -->
<BR><i>Sommaire</i>:
<UL>
<LI><A HREF="#388lfindex0">Simulation par ordinateur</A></LI>
<LI><A HREF="#388lfindex1">Pourquoi Perl ?</A></LI>
<LI><A HREF="#388lfindex2">Séquences aléatoires</A></LI>
<LI><A HREF="#388lfindex3">Bibliographie</A></LI>
<LI><A HREF="#388lfindex4">Téléchargement de fichiers</A></LI>
<LI><A HREF="http://cgi.linuxfocus.org/cgi-bin/lftalkback?anum=388">Talkback form for this article</A></LI>
</UL>
</TD></TR></TABLE>
<!-- INDEX_STOP -->
<!-- SHORT_BIO_ABOUT_THE_AUTHOR_AND_INDEX_STOP -->
<!-- HEAD_OF_THE_ARTICLE_START -->
<br>
<table border="0"><tr><td>
<!-- tr_staticssi include virtual -->
<!-- tr_staticssi exec cmd -->
<!-- addedByLfPdf ver 0.1 -->
<TABLE style="border-style:outset; border-width:1px" align="right" bgcolor="#ff9616" cellspacing="1"><TR><TD bgcolor="#ff9616">
<a href="../Archives/lf-2005_08-0388.pdf"><small>PDF</small></a>
</TD></TR></TABLE>
<H2>Simulation d'ADN assistée par ordinateur, en utilisant Linux et Perl</H2>
<img src="../../common/images2/article388.jpg" alt="[Illustration]
"hspace="10" width="137" height="180">
<!-- ABSTRACT OF THE ARTICLE -->
<P><i>Résumé</i>:
<P>
<!-- articleabstract_start -->
Cet article montre une manière de générer
� n � séquences d'ADN avec � s �
nucléotides, de manière aléatoire en utilisant des
programmes Perl. Par contraste avec d'autres programmes où les
séquences d'ADN sont traîtées comme des chaînes
de texte, cet article propose de travailler avec ces séquences
sous forme de tableaux. Même avec la génération
aléatoire de séquences, lorsque nous effectuons l'analyse
statistique de la fraction de nucléotides identiques placés
dans la même position comparée, nous obtenons des valeurs
similaires à 0.25.
<!-- articleabstract_stop -->
<br><!-- HR divider --><center><font color="#8282e0"><b>_________________ _________________ _________________</b></font></center><br>
</td></tr></table>
<!-- HEAD_OF_THE_ARTICLE_STOP -->
<!-- BODY_OF_THE_ARTICLE_START -->
<A NAME="388lfindex0"> </A>
<H2>Simulation par ordinateur</H2>
<p>La recherche scientifique est focalisée sur l'étude et la
compréhension des processus naturels. Les recherches sont
faites en utilisant l'observation expérimentale et
la modélisation théorique qui, depuis longtemps, ont
été dédiées à l'exposition et au
développement d'équations. Mais nombre de ces équations
ne peuvent pas être résolues de manière analytique ou
numérique à cause d'aspects techniques ou de
l'impossibilité de représenter des systèmes naturels.</p>
<p>Le développement toujours croissant des sciences informatiques
nous permet de simuler ces phénomènes naturels
grâce à des logiciels qui peuvent remplacer les
équations mathématiques pour décrire ces
systèmes. Ces logiciels facilitent l'introduction de
variables aléatoires qui facilitent la reproduction de processus
biologiques et physiques dans l'ordinateur, la découverte d'aspects
déterministes dans les simulations qui peuvent, peu après,
être transformés en lois.</p>
<A NAME="388lfindex1"> </A>
<H2>Pourquoi Perl ?</H2>
<p>Perl (Practical Extraction and Report Language) est un langage
structuré qui manipule des données sous forme de scalaire,
liste, tableau, hashes et types de fichiers. Sa mise en application est déjà
souple, parce qu'il est simple de
générer des fonctions qui peuvent être
évaluées avec n'importe quel types de données, outre
ses capacités d'intégration aux bases de données, aux
sites web dynamiques et systèmes d'exploitation comme Linux, en
assistant l'utilisateur final dans ses tâches courantes.</p>
<p>Perl est très attractif comme outil analytique parce que sa
syntaxe nous permet de travailler avec des structures très similaires
à Mathematica, un langage symbolique puissant (<a href=
"http://www.xahlee.org/PerlMathematica_dir/perlMathematica.html">
http://www.xahlee.org/PerlMathematica_dir/perlMathematica.html</a>) et que
ses modules peuvent être intégrés avec les
bibliothèques C, GTK, CGI, GGL, ajoutant ainsi des capacités
d'intégration de programmes en un seul langage.</p>
<p>Il y a de nombreux programmes ayant de gros avantages en manipulation
des données, structurée en vue d'une programmation
mathématique. Mais ce sont des suites logicielles commerciales et
cela limite leur dissémination et leur amélioration. En
même temps, ils sont très restrictifs lorsqu'ils communiquent
avec d'autres langages.</p>
<p>Perl ne limite pas la taille des données : cela dépend des
capacités de mémoire et des ressources récursives. Le
nombre de tables de hashage utilisées en tableaux associatifs n'est
pas non plus restreint.</p>
<p>Dans cet article, chaque chaîne d'ADN a été
représentée comme un vecteur. Nous pouvons utiliser le module
PDL (Perl Data Language, <a href=
"http://pdl.sourceforge.net/WWW-old/index_es.html">
http://pdl.sourceforge.net/WWW-old/index_es.html</a>) qui est orienté
vers le traitement numérique de données contenues dans des
matrices de n dimensions. Mais nous avons des problèmes à
définir chaque élément de vecteur comme un
nucléotide car la fonction � pdl � ne prend en charge que
des ordres numériques. Pour cette raison, nous n'utiliserons que les
fonctions de base de Perl pour manipuler les tableaux. De toutes
façons, cela ne limite pas les possibilités de
représenter chaque nucléotide par un nombre.</p>
<A NAME="388lfindex2"> </A>
<H2>Séquences aléatoires</H2>
Le programme nous permet de générer � n �
chaînes d'ADN composées de � s � nucléotides.
Chaque chaîne a la même longeur et ses composant sont des
nucléotides choisis au hasard. Le programme convertit la liste de
scalaires passés en paramètres par la fonction Dumper en une
chaîne Perl qui décrit la structure des données. Ainsi,
nous pourrons visualiser chaque vecteur.</p>
<pre class="code">
#!/usr/bin/perl
# Use the module Data::Dumper
use Data::Dumper;
# $var1 contient les séquences de nombre, $var2 la longueur de la
# chaîne
print "Entrez le nombre de séquences aléatoire à générer\n";
$var1 = <STDIN>;
print "Entrez le nombre de nucléotides par séquence\n";
$var2 = <STDIN>;
# Dans aleatorio, nous définissons le tableau @ns qui contient les nucléotides,
# $lon est la variable locale qui stocke le nombre de nucléotides
# $col est la variable locale qui stocke le nombre de séquences
sub aleatorio {
local @ns = (a,g,c,t);
local $lon = $_[1];
local $col = $_[0];
# Nous définissons un tableau vide @a pour stocker les vecteurs.
@a = ();
# Les variables qui indiquent les vecteurs et les positions de ses composants.
local $i = 0;
local $u = 0;
while ($u <= $col - 1 && $i <= $lon - 1) {
# $result est la variable qui stocke l'élection aléatoire de
# chacun des nucléotides.
$result = @ns[int(rand(4))];
# Ajoute des nucléotides et stocke les chaînes qui les contiennent.
$a[$u][$i] = $result;
$i = $i + 1;
if ($i == $lon ) {
$u = $u + 1;
$i = 0;
}
}
return @a;
}
#Montre à l'écran chaque vecteur et ses composants.
print Dumper(&aleatorio($var1,$var2));
# Défini les positions et vecteurs initiaux utilisés pour comparer
# s'ils ont des nucléotides identiques aux mêmes positions.
$k = 0;
$count = 0;
$s1 = 0;
$s2 = 1;
while ($s1 <= $col - 2 && $s2 <= $col - 1 && $k <= $lon - 1 ) {
# S'ils sont identiques, $count est incrémenté de 1.
if ($a[$s1][$k] eq $a[$s2][$k]) {
$count = $count + 1;
}
# $k indique les nucléotides dans le vecteur, $s1 et $s2 sont les
# vecteurs comparés.
# Si la valeur de $k est la même, il y aura un drapeau à la
# position du nucléotide indiquant que la comparaison est finie.
$k = $k + 1;
if($k == $lon ) {
$k = 0;
$s2 = $s2 +1;
}
# Si $s2 est le même que $col, nous savons qu'un des vecteurs a
# été comparé aux autres
if ($s2 == $col ) {
$k = 0;
$s1 = $s1 + 1;
$s2 = $s1 + 1 ;
}
}
# Nous déterminons $pvalue qui montre le nombre de comparaisons.
for ($p = $col - 1, $r = $col -2; $r >= 0 ; $r--){
$p+= $r;
}
# Les résultats sont montré.
print "Le nombre de nucléotides identiques est : $count\n";
print "Le nombre de comparaisons est : $p\n";
$y = $count/$p;
# Dans $cor, nous stockons la valeur de la fraction de nucléotides
# identiques dans la même position durant la comparaison
$cor = $y/$lon;
print "La fraction de nucléotides apparaissant dans la même position est : $cor";
</pre>
<p>En estimant la valeur $cor pour 10 séquences de 30, 50, 70 et 90
nucléotides, nous obtenons les résultats suivants : 0.2340,
0.26, 0.26031, 0.2661.</p>
<p>Pour 40 séquences of 100, 200, 300 et 500 nucléotides, nous
obtenons les valeurs suivantes de $cor : 0.2507, 0.2482, 0.2480, 0.2489.</p>
<p>En conséquence, nous pouvons donc conclure que pour un nombre
� n � de séquences d'ADN avec � s �
nucléotides générés de manière
aléatoire, la fraction de nucléotides identiques qui sont dans
la même position est approximativement 0.25.</p>
<A NAME="388lfindex3"> </A>
<H2>Bibliographie</H2>
<ul>
<li><a href="http://bioperl.org/">http://bioperl.org/</a></li>
<li><a href="http://pdl.perl.org/index_es.html">
http://pdl.perl.org/index_es.html</a></li>
<li><a href="http://www.unix.org.ua/orelly/perl/prog3/">
http://www.unix.org.ua/orelly/perl/prog3/</a></li>
<li><a href="http://www.xahlee.org/PerlMathematica_dir/Matica.html">
http://www.xahlee.org/PerlMathematica_dir/Matica.html</a></li>
<li>Exemples de manipulation de fichiers en Perl créé par le
Dr. Antonio J. Pérez Pulido pour la maîtrise en
Bioinformatique de l'Andalucía International University.</li>
<li><a href="../April2005/article374.shtml">article 374 d'avril 2005 sur
linuxfocus.org</a></li>
</ul>
<A NAME="388lfindex4"> </A>
<H2>Téléchargement de fichiers</H2>
<a href="../../common/src2/article388_ADNaleatorio_pl.txt">code source Perl
: ADNaleatorio_pl.txt</a>
<!-- vim: set sw=2 ts=2 et tw=80: -->
<!-- BODY_OF_THE_ARTICLE_STOP -->
<!-- 2pdaIgnoreStart -->
<A NAME="talkback"> </a>
<h2>Talkback form for this article</h2>
Every article has its own talkback page. On this page you can submit a comment or look at comments from other readers:
<center>
<table width="250" border=0><tr><td>
<div class="tbbutton"><A class="nodec" href="http://cgi.linuxfocus.org/cgi-bin/lftalkback?anum=388"> talkback page </a></div>
</td></tr></table>
</center>
<br clear="all">
<HR size="2" noshade>
<table width="250" border=0><tr><td>
<div class="bbutton"><a class="nodec" href="../../index.shtml"><--, LF Sommaire</a></div>
</td><td>
<div class="bbutton"><a class="nodec" href="index.shtml">Sommaire de ce numéro</a></div>
</td></tr></table>
<br clear="all">
<HR size="2" noshade>
<!-- ARTICLE FOOT -->
<CENTER><TABLE WIDTH="98%" summary="footer">
<TR><TD ALIGN=CENTER BGCOLOR="#bdc6d5" WIDTH="50%">
<A HREF="../../common/lfteam.html">Site Web maintenu par l´équipe d´édition LinuxFocus</A>
<BR><FONT COLOR="#1111aa"><a href="../../common/copy.html">© Carlos Andrés Pérez</a><br>"some rights reserved" see <a href="../../license/index.shtml">linuxfocus.org/license/</a><br><a href="http://www.linuxfocus.org">http://www.LinuxFocus.org</a></FONT>
</TD>
<TD BGCOLOR="#bdc6d5">
<!-- TRANSLATION INFO -->
<font size=2>Translation information:</font>
<TABLE summary="translators">
<tr><td><font size="2">es --> -- : Carlos Andrés Pérez <small><caperez /at/ usc.edu.co></small></font></td></tr>
<tr><td><font size="2">en --> es: Carlos Andrés Pérez <caperez /at/ usc.edu.co></font></td></tr>
<tr><td><font size="2">en --> fr: Jean-Etienne Poirrier (<a href="http://www.epot.org"><font size="1">homepage</font></a>)</font></td></tr>
</TABLE>
</TD>
</TR></TABLE></CENTER>
<p><font size=1>2005-08-25, generated by lfparser version 2.52</font></p>
<!-- 2pdaIgnoreStop -->
</BODY>
</HTML>